پژوهش و تحقيق از اموري است كه رشد و پويايي جامعه بدان وابسته است، چنانچه امام خامنه اي فرمودند: «پیشرفت ما، عزت ما، هویت ملی و اسلامىِ ما وابسته به این است که در این بخش کار جدی کنیم». با توجه به رسالت ياد شده، معاونت پژوهش مؤسسه مذاهب اسلامي قم در اين راستاي جامه پوشاندن به منويات رهبر معظم انقلاب در 7 واحد زير مجموعه انجام وظيفه مي كند.
واحد تدوین متون
واحد همایش ها و نشست های علمی
واحد پشتیبانی سایت و فضای مجازی
واحد نشریه
واحد خدمات پژوهشی
واحد امور پایان نامه ها
کتابخانه