معاونت آموزش یکی از چهار معاونتی است که ساختار اصلی مرکز تخصصی مذاهب اسلامی را تشکیل میدهند.
این معاونت متکفل آموزش دانشپژوهانی است که از طریق معاونت آموزش و اموز مراکز تخصصی حوزه علمیه قم، واجد شرایط پذیرش و تحصیل در مراکز تخصصی، تشخیص داده میشوند.
این مرکز در دو مقطع تحصیلی سطح3 (رشته: کلام اسلامی با گرایش مذاهب اسلامی) و سطح 4 (رشته: کلام تطبیقی امامیه با اشاعره، معتزله و ماتریدیه)، به طلاب محترم خدمات آموزشی ارائه میدهد.
آموزشهای تخصصی این مرکز به شکل حضوری برگزار میشود در کنار آموزشهای تخصصی حضوری، دورههای آموزش کوتاه مدت غیر حضوری و آموزش طلاب بومی نیز در دستور کار این معاونت میباشد.
برنامههای دیگری در این معاونت انجام میگیرد که در سرفصلهای مربوطه مهمترین آنها توضیح داده خواهد شد.